TrueNAS 版やってみました。
WOLで hp MicroServer の TrueNAS を起動する
ほとんど電源入れっぱなしか、必要な時に手で入れていたので気にしていませんでしたが、FreeNAS （というかFreeBSD）は、hp MicroServerにオンボードで搭載されているBroadcomのチップの対応の更新を2013年あたりから忘れているようなので、せっかくハードウェアが対応していても、そのままでは WOL できないと言う状態です。
（BIOSではデフォルトで有効になっているのも関わらず、です）
経緯などの推測は、
HP ProLiant MicroServer - PIBの「2014-08-03: FreeBSD 系での Wake On Lan」に詳しく書かれています。
ので、Diary: xiphio(2014-05-19)で紹介されているFreeNASのフォーラムからファイルをとってきて実施してみたところ、FreeNAS 9.3でもWOLに成功したので、まだ通用するようです。
（ただ、FreeBSDのオフィシャルに組み込まれてくれないといつまでもこの調子かと）
QUESTION - Wake On Lan | FreeNAS Community
#42でvannhiさんって人が貼付している、 if_bge_patch_9.2.1.zip を使用します。ここにもおいてあるみたい http://vannhi.fr/freenas/index.php
展開して、
if_bge.ko
ファイルをFreeNASの共有フォルダなどにコピーして、
そこから組み込みます。
（フォーラムからダウンロードした if_bge.ko ファイルの展開後のMD5は 90E20BE231193B0DC75DF972C43DBE9C でした）
ファイルの正規性が気になる人は、NAS4Free の適当なバージョンから抽出するのがよさそうです。（#65 で FreeNAS 9.3で動作したと書いている人のリンクに説明があります「Waking up and shutting down FreeNAS „on demand”」）
FreeNAS の Shell を起動して、（Shellは下の方にあります）
コマンドラインで、
# mount -uw /
# cp /mnt/tank/media/if_bge.ko /boot/kernel
（/mnt/tank/media の部分は各自の環境に合わせてください）
シェルを抜けて
System - Tnables - Add Tunable
より、上記の様に設定する
FreeNAS 9.3では、Type: っていう項目があるけど、デフォルトのLoaderにしておいた。
この状態で再起動して、
Shellで、
# ifconfig -m bge0
とやったときに、
上記の様に、options や capabilities のところに「WOL_MAGIC」という項目があれば成功です。
シャットダウンして、WOLツールなどで、
ether の欄に表示されているMACアドレスを叩いて起動するかみてみましょう。
また、アップデートなどでファイルが書き換わってしまった場合は、都度やり直しって感じみたいです。
ただ、設定してみたものの、自分は結局使わないかも。