（他のNASアプライアンスなどとの比較は置いておいて、TrueNAS CORE とどっちにするか、という主旨で）
このところ、
TrueNAS CORE の Plugin のインストールが壊れているので、
TrueNAS SCALE の Apps で代用できるなら
TrueNAS SCALE を使った方がいいかもしれません。
あとは、新しめのハードウェアで
FreeBSD ベースの TrueNAS CORE では認識されない場合
NICに
2.5GのRTL8125Bを使っている環境で余計な設定作業をしたくない場合
（設定すれば使えるのですが）
FreeBSD より Debian Linux の方が親しみを感じる場合
Docker を動かすプラットフォームとして利用したい場合
（ちょっとひねりは必要ですが、Custom Apps で任意の Docker イメージを実行できるので。 別途 Linux 環境構築したり、 Windows パソコン上に Docker を実行できる環境を整えたりするのと比べてもいいかと）
などでしょうか。
2024年9月現在、TrueNAS.com のダウンロードも
優先度は TrueNAS SCALE の方が上に来ていますので、
そろそろ TrueNAS SCALE がメインストリーム、ということなのでしょう。
（以前の話）
なぜ TrueNAS にするか