（他のNASアプライアンスなどとの比較は置いておいて、TrueNAS CORE とどっちにするか、という主旨で）
このところ、
TrueNAS CORE の Plugin のインストールが壊れているので、
TrueNAS SCALE の Apps で代用できるなら
TrueNAS SCALE を使った方がいいかもしれません。
あとは、新しめのハードウェアで
FreeBSD ベースの TrueNAS CORE では認識されない場合
NICに
2.5GのRTL8125Bを使っている環境で余計な設定作業をしたくない場合
（TrueNAS COREでも設定すれば使えるのですが、TrueNAS SCALEなら何もしなくても使えるので）
FreeBSD より Debian Linux の方が親しみを感じる場合
Docker を動かすプラットフォームとして利用したい場合
（ちょっとひねりは必要ですが、Custom Apps で任意の Docker イメージを実行できるので。 別途 Linux で Docker 用の環境を構築したり、 Windows パソコン上に Docker を実行できる環境を整えたりするのと比べてもいいかと）
などでしょうか。
2024年9月現在、TrueNAS.com のダウンロードも
優先度は TrueNAS SCALE の方が上に来ていますので、
そろそろ TrueNAS SCALE がメインストリーム、ということなのでしょう。
（以前の話）
なぜ TrueNAS にするか