きりしま屋

で、今回の手順の詳細ですが、

3.11から更新されているファイルを

udm差分ファイル作成ツール
のフリー版を利用してチェックしてみました。
このプログラムはフォルダ指定した複数のファイルの差分を作成できるのですが、その機能を利用して、
3.11→3.12 の差分を作らせたときのログから更新されているファイルが分かるのではないか、と思った次第です。
MTのアップグレード版は1.0からでもアップグレードできるように構成されているようでいらないファイルがいっぱいあるようです。

で、結果としては、

内容が更新されているファイルは、

/docs 内
mtchanges.html.udf
mtinstall.html.udf
mtmanual.html.udf
mtmanual_comments.html.udf
mtmanual_configuration.html.udf
mtmanual_dynamic.html.udf
mtmanual_entries.html.udf
mtmanual_notifications.html.udf
mtmanual_templates.html.udf
mtmanual_trackback.html.udf
mtmanual_uploading.html.udf
mtmanual_weblog_config.html.udf
mtmanual_weblogs.html.udf

/lib 内
MT.pm.udf

/lib/MT 内
App.pm.udf
Util.pm.udf

/lib/MT/App 内
CMS.pm.udf

/lib/MT/L10N 内
ja.pm.udf

/lib/MT/Template 内
Context.pm.udf

/ 内
mt-check.cgi.udf
mt-upgrade31.cgi.udf

/php/lib 内
block.MTCalendar.php.udf
compiler.defun.php.udf
function.MTArchiveLink.php.udf
function.MTCommentAuthor.php.udf
function.MTCommentEmail.php.udf
function.MTEntryTitle.php.udf
function.MTInclude.php.udf
function.MTRemoteSignInLink.php.udf
function.MTRemoteSignOutLink.php.udf
modifier.filters.php.udf
modifier.sanitize.php.udf
mtdb_base.php.udf
MTUtil.php.udf
MTViewer.php.udf
prefilter.mt_to_smarty.php.udf

/php/lib/php 内
mt.php.udf

/php/lib/tmpl/cms 内
edit_entry.tmpl.udf

新しく追加されたファイルは、

/php/lib 内
sanitize_lib.php

ということになりましたので、
Milanoさんのリストをこの情報で更新すると、

CGIPathにアップロードするファイル／フォルダ
lib/
php/
mt-upgrade31.cgi

StaticWebPathにアップロードするファイル／フォルダ
docs/

アップロードの必要なし（3.11から変更なし）
上記以外のCGIファイル
mt.js
styles.css
plugins/
search_templates/
extlib/
schemas/
tmpl/
tools/
images/

となりました。

よって、手順は冒頭に書いたもののようになります。

mt-upgrade31.cgiを実行すると、

Upgrading your databases:
Running 'update mt_template set template_build_dynamic = 0 where template_build_dynamic <> 1'
Running 'alter table mt_template modify template_build_dynamic tinyint not null'
Running 'alter table mt_entry modify entry_basename varchar(50) not null'

Done upgrading your schema! All went well.

このように表示されますので、これでいいのかな？

違うよオマエ、とか言う人はばしばしトラックバックやコメントお願いします。

12.24追記
バージョン番号が記述されているファイルは、

関連ファイルと、書かれているバージョン番号は以下のとおり。
lib/MT.pm 　VERSION 3.121-ja
php/mt.php VERSION 3.12
“3.121へバージョンアップ”: Bassoonery Photo Blog

だそうです。
バージョンアップせずに、バージョンアップしたい場合には参考になるかも。（？）