いちいちCD-Rを焼いてプラスチックごみを出したくないし、hp ProLiant MicroServer N54L のような、光学ドライブなんて飾りですと言わんばかりのハードウェアをもっていると、USBメモリだけでなんとかしたい。
2. Installing and Upgrading FreeNAS®
によると、
9.3からは、USBブートイメージがISOイメージと統合されているようなので、Win32DiskImager を使って、*.isoファイルを書き込むらしい。
また、USBメモリは4GBのものでもインストールができるらしい（それ以下でもインストールは完了したように見えるらしい）が、モデルによって起動できないことがあるのでそのような場合は8GBのUSBメモリを使用する必要があるらしい。
gpart: geom 'da0': Operation not permitted
dd: /dev/da0: Operation not permitted
The FreeNAS installation on da0 has failed. Press ...
試してみたところ、ブートに使用したUSBメモリ自体にはインストールができないっぽい。
そのため、CD-Rを焼かずにインストールする方法としては、
・USBメモリを２本使ってインストール用USBメモリからブートして本番用USBメモリにインストールするか、
・9.2.1.9などの9.2.1系のUSBブートイメージを書き込んでとりあえず起動してから、FreeNASのGUI上で9.3系にアップデートする、（FreeNAS 9.2.1 Release on hp MicroServer N54L）
といった方法になるかと思います。
あと、USB 2.0 ポートに接続して起動するのが鉄板ですが、新しいマザーボードだと、厳密な意味の USB 2.0 はなかったりもしますので、そんなときは、USB 3.0 を有効にする必要があります。
FreeNAS で USB 3.0 を有効にする
（USB 2.0 で起動できる環境が別にある方法しか今のところ書いてないですが）